Entgegen den Empfehlungen seines Linzer Mathematiklehrers begann Zauner Theaterwissenschaft zu studieren. Seine wichtigsten Lehrer wurden hier Prof. Dr. Heinz Kindermann und Prof. Margret Dietrich.
Für ihn bedeutete es ein typisches Bildungsstudium, durch das ihm eine Fülle von Kenntnissen und Wissen - also das theoretische Rüstzeug, das er für seine spätere Tätigkeit als Autor von Theaterstücken als unumgänglich notwendig erachtete - vermittelt werden sollte. Seine Erwartung wurde in jeder Hinsicht erfüllt. Daß mit dem erfolgreichen Abschluß des akademischen Studiums auch die Doktorwürde erworben werden konnte, spielte für ihn eine untergeordnete Rolle. Wichtig für ihn war nur, sich mit der besonderen Problematik der Kunstgattung Theater auseinander zu setzen. Dazu gehörte u.a. die Beschäftigung mit praktischer Dramaturgie, mit Theaterregie, den aktuellen Tendenzen im Hörspiel, mit Bühnenbild und Bühnentechnik, Regie-, Sprech- und Schauspielkunst, Theaterbau, Bühnenformen, Musiktheater und europäische Theatergeschichte von der Antike bis zur Gegenwart. Besonders fasziniert war er damals vom antiken Theater, insbesondere von der griechischen Tragödie, die er bis dahin kaum kannte. Durch eine Vorlesung von Frau Prof. Dietrich im Jahr 1959 mit dem Titel 'Antiker Mythos im modernen Drama' wurden ihm Zusammenhänge aufgezeigt, mit denen er sich später in seiner Dissertation eingehend auseinandersetzte.
Im mittelalterlichen Mysterienspiel wiederum sah Zauner seine ursprünglichen Vorstellungen eines Ganzheitstheaters verwirklicht, weil hier die Rhythmik der Sprache, Darstellung und Musik sowie die Einbeziehung des Publikums in das theatrale Geschehen eine zusammengehörige Einheit bildeten. Alle diese Eindrücke fanden später ihren Niederschlag in seiner Bearbeitung der "Passion".
Einen weiterer Interessensschwerpunkt bildete die Philosophie, mit der Zauner sich während seines ganzen Studiums eingehend beschäftigte. Neben den Schriften von Schopenhauer und Nietzsche war es vor allem die Existenzphilosophie und hier wiederum besonders J. P. Sartre, mit dem er sich bald auseinanderzusetzen begann.
J. P. Sartre rückt die Existenzphilosophie in die Nähe des Nihilismus, wenn er das Wesen des Menschen als Freiheit zur Unbestimmtheit bezeichnet. (Der Mensch ist eine nutzlose Passion.) Was Zauner daran besonders interessant fand, war die Tatsache, daß es sich um eine Philosophie handelte, die mit der Literatur sehr eng verbunden war, denn ihre Vertreter waren immer auch Literaten. Diese Philosophie hat damals ganze Lebensbereiche beeinflußt, auch der Film war involviert. Existenzialismus verstand sich nicht nur als eine Denkweise, sondern als eine Lebenshaltung, die zeit- und gesellschaftskritische, ja mitunter sogar revolutionäre Züge erhielt.
Mit Sartre's 'Ekel' beschäftigte Zauner sich besonders intensiv, vielleicht deshalb, weil für diesen Dichter nur die sinnlich wahrnehmbare Welt existiert. '...was hat man für Mühe, sich das Nichts vorzustellen! Jetzt aber wußte ich: Die Dinge sind ganz und gar, was sie scheinen - und hinter ihnen ... gibt es nichts.' (Jean Paul Sartre 'Der Ekel', Rowohlt Verlag, Hamburg 1952)
Für Zauner gilt das durchaus nicht, obwohl die Grundelemente dieser Philosophie in vielen seiner späteren dramatischen Arbeiten zu finden sind. Bei ihm wird der Mensch oft schicksalhaft in eine bestimmte Situation hineingestellt, mit der er sich auseinanderzusetzen oder einfach abzufinden hat. Es gibt kein Entrinnen.
Sartres Spekulationen sind nicht auf etwas gerichtet, das über die Existenz hinausweist. Zauner hingegen versucht in seiner dramatischen Gestaltung das aufzuzeigen, was hinter der Realität liegt. Seine Themen liegen in durchaus realen Bereichen, aber diese Realität wird auf eine mehr oder weniger deutliche Weise durchbrochen, ja mitunter kommt es bis zu einer Ich-Spaltung wie etwa in "Ypsilon". Dieser Realitätsbruch muß aber nicht immer so spektakulär sein. Oft steckt schon in der Fabel selbst diese Brechung, wie etwa in "Spuk" oder in "Fiktion". Er will aber damit durchaus nicht schockieren. 'Weil ich', erklärt er, 'von Provokationen wenig halte. Man soll Denkanstöße geben, aber die Menschen keineswegs abstoßen.'
Die theaterwissenschaftlichen Studien betrieb Zauner mit Eifer. Seine Gewohnheit, täglich in das Theater zu gehen, setzte er auch in Wien fort und hatte nun hinlänglich Gelegenheit, die Aufführungen an den Wiener Bühnen aus eigener Anschauung kennenzulernen. In Wien gab es zu dieser Zeit etwa 17 Theater. Um alles, was gespielt wurde, sehen zu können, konnte es vorkommen, daß er an Wochenenden eine Nachmittags- und eine Abendvorstellung besuchte.
Auf diese Weise gewann er einen umfassenden überblick über die damalige Wiener Theaterszene, die in den Jahren kurz nach der wiedererungenen Selbständigkeit und Freiheit einen absoluten Höhepunkt erreichte. In Wien und hier wieder hauptsächlich am Burgtheater wirkten Schauspieler, deren Leistungen beeindruckend waren, und die mit ihrem eigenen Ruhm auch den des Wiener Theaters weit über die Grenzen Österreichs hinaustrugen. Werner Krauß, Ernst Deutsch, Oskar Werner, Käthe Dorsch, Werner Hinz u.a. sind Darsteller, die Zauner auf der Höhe ihrer Künstlerschaft gesehen hat. Ausgerechnet Werner Hinz, dessen Gestaltung des Nathan Zauner als Student bewundert hatte, wird später der erste Darsteller seines "Ypsilon" in einer Rundfunkproduktion des ORF.
Gerne erinnert Zauner sich auch an großartige Aufführungen wie zum Beispiel 'Der Unbestechliche' von Hofmannsthal, 'Die Besessenen' von Camus, 'Beckett oder die Ehre Gottes' von Anouilh, 'Eines langen Tages Reise in die Nacht' von O'Neill, um nur einige zu nennen.
Bald bot sich ihm auch Gelegenheit, das Theater in der Praxis kennenzulernen. In der Nachfolge des seinerzeitigen Hochschulstudios wurde von Gottfried Schwarz, damals noch Student der Theaterwissenschaft, heute Leiter der Unterhaltungsabteilung beim ORF Fernsehen, eine Studentenbühne mit dem Namen 'Die Arche' gegründet. Zauner schloß sich dieser Gruppe an und schon im Herbst 1959 probte er für eine Aufführung von Paul Claudels 'Verkündigung'. Als Aufführungsort war die Krypta der Peterskirche am Graben vorgesehen.
Anton Staudinger, heute Univ. Prof. am Institut für Zeitgeschichte in Wien, damals für die Raumgestaltung verantwortlich, berichtet darüber: 'Als Regisseur war Zauner sehr gut. Bei der 'Verkündigung' ging es vornehmlich um Wortregie, da das Wesentliche der Text war. Das Visuelle lebte von einer totalen Verfremdung.'
Ein anderes Mitglied der Arche, Ulf Birbaumer, später Univ. Prof. am Institut für Theaterwissenschaft in Wien, berichtet über Zauners Fähigkeiten als Regisseur wie folgt: 'Daß Zauner ein geschickter Dramaturg war, steht außer Zweifel. Im Umgang mit den Schauspielern zeigte er sich sehr einfühlsam, geschickt und geduldig. Diese Behutsamkeit und große Sensibilität jedem einzelnen von uns gegenüber, haben ihn besonders ausgezeichnet. Gerade bei diesem Stück ging es ihm darum, möglichst nicht realistisch oder gar naturalistisch zu inszenieren, sondern die Stilisierung, die schon durch den Raum gegeben war, auch im Stück zur Wirkung zu bringen.'
Zur Struktur der 'Arche' wäre noch zu sagen, daß alle Mitglieder, die nicht gerade als Schauspieler, Regisseure, Bühnenbildner usw. bei einem Stück mitwirkten, dennoch an jeder Produktion beteiligt waren. Man verwendete auch möglichst wenig Requisiten und bediente sich sehr einfacher Versatzstücke, wie man ganz allgemein versuchte, aus der Not eine Tugend zu machen. Die meisten Mitglieder der 'Arche' präsentierten sich auf diese Weise als eine kollektive Produktionsgemeinschaft. Dr. Staudinger meint dazu: 'Die 'Arche' war in meinen Augen nicht so sehr ein Kollektiv, sondern eher ein Konvivium, oder anders ausgedrückt, ein gut funktionierender, kooperativer Freundesbund, deren Mitglieder aus vielen artifiziellen Bereichen kamen. Die 'Arche' verstand sich als avantgardistische Gruppe.'
Ein Großteil der Mitglieder studierte Theaterwissenschaft oder hatte eine einschlägige Ausbildung genossen. In gemeinsamen Beratungen wurden die Stücke ausgesucht, wobei Gottfried Schwarz die allgemeine Linie fixierte. Es waren zumeist solche Stücke, die von den etablierten Wiener Bühnen kaum oder überhaupt nicht aufgeführt wurden.
Mit zwei Stücken von H. C. Artmann, und zwar 'Kein Pfeffer für Czermak - Ein Votivsäulchen für das goldene Wiener Gemüt' und 'die mißglückte luftreise, ein kasperlstück samt einem nachzug' wurde die Spielzeit 1960 eröffnet. Beide Einakter waren Uraufführungen. Gespielt wurde in der Mensa der Ebendorferstraße. Zauner inszenierte 'die mißglückte luftreise'. Ihn interessierte an diesem Kasperstück, das dem Wiener Volkstheater nachgebildet ist, die Möglichkeit des Jonglierens mit Wortspielen, der szenischen Darstellung und die Pantomimik. Es war das Komödiantische, Skurrile, die Freude am Theater, das Spielerische im Stück H. C. Artmanns, das ihn besonders faszinierte und dem man in einigen seiner späteren Stücke - so etwa in "Von draußen rein" oder in "Hundstage" - in einer ähnlichen Form begegnete.

Hier wird bereits spürbar, daß ihn nicht so sehr das Literarische, sondern das Theatralische reizte. Artmanns Stück forderte ihn geradezu heraus, etwas Pantomimisches dazuzuerfinden, was seiner Absicht, Literarisches in den sinnlich-kulinarischen Bereich des Theaters umzusetzen, sehr entgegenkam, bei dem Spaß und Humor zum tragenden Element werden. Dazu Dr. Ulf Birbaumer: 'Hätte ich Zauner nur als Regisseur in der 'Verkündigung' erlebt, würde ich eine weitere und sehr beachtliche Fähigkeit nicht gesehen haben, nämlich seine Vielseitigkeit, seine Leichtigkeit und vor allem seinen Humor, den man bei ihm nicht leicht erkennen konnte, weil er es liebte, alles eher zu unterspielen. Der Artmannsche Humor kam ihm aber wirklich sehr gelegen, und er hat auch dieses Stück toll herausgearbeitet. In Bertram Mödlagl hatte er allerdings auch einen enorm guten Schauspieler zu Verfügung.'
Bezeichnend für die Atmosphäre, die bei der 'Arche' herrschte, ist auch die folgende von Dr. Birbaumer überlieferte Anekdote: Bei der Premiere von der 'mißglückten luftreise' wollte sich Gottfried Schwarz als Laternenanzünder eine Zigarette anzünden, was ihm aber nicht gelang. Zauner bemerkte es, sprang auf die Bühne und gab Schwarz Feuer, was dieser mit folgenden Worten quittierte: 'Aha, jetzt kommen sogar schon die Dichter auf die Bühne!' Als sich am Schluß auch Zauner mit den Schauspielern verbeugte - in seiner Eigenschaft als Regisseur natürlich - müssen ihn die Zuschauer aber auch die Zeitungsleute wirklich für den Verfasser gehalten haben, wie man einer Zeitungsnotiz entnehmen kann: 'Ein höchst amüsanter Abend. Der Autor selbst dankte für den Applaus.' (Lieselotte Espenhahn im Kurier vom 21. 1. 1960)
Auch bei diesem Stück wurde wieder stark stilisiert, diesmal in der Form der späten Commedia dell' Arte. Die Urteile der Presse sind ganz interessant und mit Zauners Regie durchaus zufrieden und einverstanden: 'Die Inszenierung des zweiten Einakters, der 'spaßhaften aventure des Jean-Wurst als Luftschiffeur' mit dem Titel 'die mißglückte luftreise' kam dem scharf karikierenden pantomimischen Stil, den diese Stücke verlangen, schon näher und brachte die raffiniert einfachen Wortspiele und Wortverdrehungen, das beste an dieser mißglückten Luftreise, recht gut zur Geltung.' (-ka in Arbeiterzeitung vom 21. 1. 1960)
Für das zweite (Stück) sorgte mit aller nötigen Leichtigkeit und Phantasie 'hr. zauner'...' (Elisabeth Pablé in Illustrierte Kronenzeitung vom 21. 1. 1960)
Hat Zauner mit Claudels 'Verkündigung' und H. C. Artmanns 'die mißglückte luftreise' seine Fähigkeiten als Regisseur unter Beweis gestellt, so versuchte er sich im nächsten Stück, das 'Die Arche' als Beitrag zu den Wiener Festwochen im Frühjahr 1960 herausbrachte, als Schauspieler. Er verstand es, seine Rolle nicht nur sehr glaubhaft darzustellen, sondern erkannte sehr klar die große Bedeutung, die dem Schauspieler und seiner schöpferischen Persönlichkeit bei der Interpretation eines dramatischen Kunstwerkes zukommt. War es auch nur einmal, daß er als Schauspieler aufgetreten ist, so hat er doch wertvolle Erfahrungen gesammelt, die ihm später bei der Abfassung seiner eigenen Stücke zugute gekommen sind.
Handelt es sich bei dem Kasperstück von H. C. Artmann um eine dem Volksstück nachempfundene Komödie, so brachte man nun ein echtes Wiener Volksstück auf die Bühne, 'Der beschäftigte Hausregent' von Philipp Hafner.
Zauner spielte darin den Bedienten des Grafen Hollerblüh. Univ. Prof. Dr. Birbaumer führt aus: 'Man kann ruhig sagen, daß Martin, den Zauner hier gespielt hat, ein köstlich oberösterreichisch-verbiesterter Hanswurst war, der immer im unrechten Augenblick kommt; wenn er sich beeilen soll, besonders langsam ist, etwa wie der Melchior im 'Jux'. Es schien, als wären eine ganze Reihe von köstlich-komischen Nestroytypen hier zusammengeflossen. Natürlich mißversteht er alles und spielt auch alle anderen Lazzi sehr köstlich und mit völlig unbewegter Miene; spricht mit einer sehr monotonen Stimme in seinem Innviertler Dialekt. Er hatte zwar nicht die Statur eines Karl Valentin, hat aber, so wie er, einen ähnlichen Humor entwickelt, also etwas typisch Süddeutsch-Bayerisches. Es ist sicher nicht übertrieben, wenn man sagt, er war ohne Zweifel die witzigste Figur des ganzen Stückes.'
Neben der praktischen Theaterarbeit begann Zauner sich mit einem anderen Medium auseinanderzusetzen, nämlich mit dem Rundfunk. Unter Otto Ambros arbeitete er als Regieassistent bei der Produktion verschiedener Hörspiele, Märchen- und Literatursendungen mit. Auch verfaßte er selbst Schulfunksendungen. Die hier gemachten Erfahrungen hat er in seinen späteren eigenen Hörspielen verwendet.
Anläßlich der Uraufführung des Stückes "Spuk" am Linzer Landestheater sagt er in einem Interview über seine persönlichen Erfahrungen: 'Der Drang, schreiben zu wollen, für das Theater schreiben zu wollen, ist, möchte ich sagen, gegeben, war immer vorhanden. Ein anderes ist es, etwas ausdrücken, mitteilen zu können. Denn ein Stück zu schreiben, bedeutet ja nicht allein etwas zu wissen, etwas erlebt zu haben, sondern es auch ausdrücken zu können. So wie die Schauspielkunst nicht bedeutet, nur etwas zu verstehen, zu erfahren, sensibel erfahren zu können, sondern bedeutet, das alles auch umzusetzen. Und dieses Können habe ich mir versucht auf verschiedenen Wegen, auch in praktischer Arbeit zu erwerben. Ein Theaterstück ist ja nie etwas Fertiges, sondern ein Mosaikstein des viel wichtigeren Endergebnisses, des Theaterabends.' (Linzer Theaterzeitung Nr. 8, 15. Jg. v. April 1971)
Der ehemalige Institutsvorstand, Univ. Prof. Dr. Heinz Kindermann, dessen Schüler Zauner war, erinnert sich: 'An Zauner ist mir die Art aufgefallen, mit der er etwas aufgenommen hat. Er war einer jener Studenten, die zuhören konnten; er konnte wirklich sehr gut zuhören und auch sehr intensiv fragen. Das ist eine große Tugend. Sehr interessiert hat ihn die Gegenwartsdramatik, aber er hat auch die Vergangenheit nicht vernachlässigt. Das zusammen ergibt einen guten Horizont und drückt sich auch in seiner Dissertation aus, denn da merkt man, daß ihm ein guter Fond zur Verfügung steht.' Auf die Frage, ob auch Zauner bereits während des Studiums geschrieben habe, antwortet Prof. Kindermann: 'Ja, das hat er und wir haben das auch gewußt. Und so, wie wir das Schicksal unserer Schäflein verfolgen, so haben wir auch seine Laufbahn immer mit großem Interesse verfolgt und uns gefreut, wenn er Erfolge hatte. Ein von ihm verfaßtes Stück wurde in einem Seminar behandelt und zu theaterwissenschaftlichen Betrachtungen herangezogen.'
Mit der Abfassung der Dissertation "Die Rolle des Mittlers im tragischen Theater der Gegenwart" neigte sich Zauners Studienzeit in Wien dem Ende zu. Man kann sie aber auch als Lehrzeit bezeichnen, die sich aus zwei verschiedenen Komponenten zusammensetze. Da ist einmal die Schaffung der theoretischen Grundlagen, die er in Form der wissenschaftlich philosophischen Ausbildung erfuhr und die auf gedanklicher und intellektueller Ebene basierte. Die andere, nicht minder wichtige Komponente für sein späteres Schaffen war die praktische Theaterarbeit, wodurch er sich das nötige handwerkliche Rüstzeug beschafft hat, wie man aus seiner Tätigkeit als Regisseur und Schauspieler in den Aufführungen der 'Arche' beobachten konnte. Das Sinnlich-Komödiantische nahm dabei immer einen besonderen Stellenwert ein. Sein Studium beschloß er mit der Promotion zum Dr. phil. an der Universität Wien am 30. März 1961.
Ein Stipendium ermöglichte ihm einen einjährigen Aufenthalt in Rom. Der italienische Film dieser Zeit war damals geprägt von großen Regisseuren wie De Sica, Visconti, Antonioni, um nur einige zu nennen. Diese Erfahrungen haben ihm dann Jahre später bei der Abfassung der Drehbücher für seine Fernsehfilme "Job für Kutschera", "Wegen Renovierung geschlossen" u.a. wertvolle Anregungen gegeben.
Nach Rom wurde im Oktober 1960 aufgebrochen, wohin ihn auch seine spätere Frau Roswitha begleitete. Nachdem die standesamtliche Trauung in Peuerbach am 28. März 1961 stattgefunden hatte, ließen sie sich am 17. April 1961 in der Kirche Santa Maria dell' Anima in Rom kirchlich trauen. Roswitha war von der Atmosphäre der ewigen Stadt so beeindruckt, daß sie hier zur Abfassung ihrer ersten Gedichte angeregt wurde. Auch Friedrich Zauner scheint es in Rom gefallen zu haben. Wie sonst erklärt es sich, daß Calis in den "Deserteuren" von Rom schwärmt: 'Ich liebe das Gebimmel der unzähligen Kirchenglocken am Morgen. Das wird mir fehlen. Vielleicht das einzige, was mir fehlen wird... - Ich bewohnte eine Kammer in der Via Germanico, ganz oben, unterm Dach, gleich am Vatikan. Und ich erinnere mich, wie sehr ich geflucht habe, jeden Tag, weil mich diese verdammten Glocken aufgeweckt haben, mich nicht länger haben schlafen lassen.' Aber nicht nur Rom, sondern auch den ganzen Süden Italiens einschließlich Sizilien lernten die beiden in diesem ersten gemeinsamen Jahr kennen. In seinem Roman "Bulle" (C. Bertelsmann Verlag, München 1986), der das letzte Rennen eines einst berühmten Radrennfahrers schildert, bildet Sizilien die beklemmende Kulisse für das Geschehen.